L'église San Juan Apóstol constitue l'exemple le plus remarquable de l'architecture roman-mudéjar, XIIIe siècle, fusion du roman et de la tradition islamique) qui est conservé dans la province, étant l'une des sept églises que compte la ville aujourd'hui et parmi les 18 qu'elle a eues au cours de l'histoire, dont au moins 5 ont été construites dans le même style, même si aujourd'hui on ne conserve que celle de Santiago, probablement la plus ancienne de toutes.

Le grand nombre de temples de ce style, aussi bien dans la localité que dans la région (Pedrosillo de Alba, Turra de Alba, Galleguillos, Gajates, Coca de Alba, Peñarandilla,...) joint à la pureté des lignes de certains d'entre eux, ont conduit à considérer Alba de Tormes, comme l'un des foyers d'origine de ce style artistique.

Construit à la fin du XIIe siècle et au début du XIIIe, après le repeuplement de la ville commandée dans un premier temps par Alfonso VI à Raimundo de Borgoña et plus tard par Alfonso IX, le temple a subi d'importantes réformes à partir du XVe siècle, époque à laquelle appartient l'arrière de celui-ci, pendant en 1791 son portique original de style byzantin sous lequel se réunissaient le conseil pour rendre justice car au XVe siècle cette église a eu le caractère municipal.

Elle a été finalment restaurée en 1957, en supprimant les caprices baroques, avec lesquels elle a été couverte au XVIIIe siècle afin de la rendre à son aspect primitif et de relever le portique actuel.

Depuis le 24 juin 1993, elle est déclarée BIC (Bien d'Intérêt Culturel), son architecture et les pièces artistiques qu'elle abrite, s'ajoutant au patrimoine propre du temple, des oeuvres artistiques provenant d'autres églises de la ville (San Miguel et Santiago).