A igreja de San Juan Apóstol constitui a amostra mais notável da arquitetura românico-mudéjar, século XIII, fusão do românico e da tradição islâmica) que se conserva na província, sendo uma das sete igrejas com que conta a vila na atualidade e das 18 que ao longo da história chegou a ter, das quais, pelo menos 5 foram construídas no mesmo estilo, embora hoje só se conserva a de Santiago, provavelmente a mais antiga de todas.

O número abundante de templos deste estilo, tanto na localidade como na comarca (Pedrosillo de Alba, Turra de Alba, Galleguillos, Gajates, Coca de Alba, Peñarandilla,...) junta à pureza de linhas de alguns deles, levaram a considerar Alba de Tormes, como um dos focos de origem deste estilo artístico.

Construída nos primórdios do século XII e primeiros do XIII, depois do repovoamento da vila encomendada em um primeiro momento por Alfonso VI a Raimundo de Borgoña e mais tarde por Alfonso IX, o templo sofreu importantes reformas a partir do século XV, época a que pertence a parte posterior do mesmo, perdendo em 1791 seu original pórtico de estilo bizantino sob o qual se reuniam o conselho para dar justiça já que durante o século XV esta igreja teve caráter municipal.

Finalmente foi restaurada em 1957, suprimindo os caprichos barrocos, com que foi coberta no século XVIII com o fim de devolvê-la a seu aspecto primitivo e levantando o pórtico atual.

Desde 24 de junho de 1993 está declarada BIC (Bem de Interesse Cultural), sendo de grande interesse tanto sua arquitetura como as peças artísticas que alberga, somando-se ao patrimônio próprio do templo, obras artísticas procedentes de outras igrejas da vila (San Miguel e Santiago).